Várias enchentes, ao longo dos anos, marcaram a história de Nova Venécia. Duas delas deixaram grandes estragos.
No ano de 1969, as fortes chuvas e o grande vendaval culminaram com a queda da então, famosa Casa de Farinha, que existia onde hoje funciona a Unidade de Saúde Ângelo Piassaroli, no bairro Margareth. Em 2013, a situação foi ainda pior e a passarela que existia nas imediações da rodoviária ligando a avenida São Mateus ao centro da cidade, foi levada pela correnteza.
Recentemente, no final do ano passado, as chuvas registradas no dia 13 de dezembro, também provocou grandes estragos mas em menor proporção que as de 1969 e de 2013.